Le opere sono visibili solo a rotazione. Attualmente tra le opere di Arnaldo Pomodoro è possibile vedere Ingresso nel labirinto (1995-2008), environment in progress  installato nella cavea del teatrino, appositamente scavata durante i lavori di ristruttu-
razione della sede; Obelisco (1989-2008), collocato davanti all’ingresso della Fondazione con la valenza di un segnale ermetico.

Il nucleo di 28 fondamentali opere realizzate da Arnaldo Pomodoro dal 1955 ad oggi, da lui stesso selezionate, documentano le tappe fondamentali della sua ricerca artistica. I rilievi degli anni Cinquanta (Il giardino nero, 1956; Situazione vegetale n. 4, 1957; Orizzonte 1957, n. 5; Tavola dei segni 1957, n. 2; Tavola dell’agrimensore 1958, n. 1) indicano il superamento della cultura informale, allora prevalente, in nome della concezione di un segno ambiguo e insieme fortemente connotato.
Con alcune tra le più significative versioni della Colonna del viaggiatore degli anni Sessanta (La colonna del viaggiatore 1960, n. 1 e La colonna del viaggiatore 1965/66, n. 2) viene documentato il recupero da parte di Pomodoro della nozione di struttura simbolica, che riporta scultura e architettura a una medesima radice.
La riflessione sul modello geometrico primario e l’intervento sui solidi euclidei, che hanno caratterizzato il suo lavoro affermandolo a livello internazionale, sono espressi in bronzi fondamentali, come Il cubo 1961-1962, La ruota, 1961 e la Sfera n. 1, esposta per la prima volta alla Biennale di San Paolo del Brasile nel 1963, prova d’artista dell’opera che figura nella collezione permanente del MoMa di New York.
La Fondazione conserva inoltre in deposito permanente sculture di grandi dimensioni degli anni Settanta e Ottanta, come The Pietrarubbia group, opera tra le massime dell’artista, in cui si dispiega appieno la sua vocazione architettante e ambientale; Colpo d’ala, omaggio al dinamismo di Boccioni; oltre agli studi e alle prove d’artista di opere collocate in spazi pubblici in Europa, Stati Uniti, Giappone, Australia: tra queste rivestono particolare interesse le quattro Forme del mito - Il Potere, L’Ambizione, La Macchina, La Profezia, concepite per il ciclo dell’Orestea di Emilio Isgrò messo in scena a Gibellina, poi definitivamente collocate a Brisbane nel 1988.
La collezione presenta anche il memorabile Progetto per il nuovo cimitero di Urbino, 1973, che innescò una delle più accese polemiche del dopoguerra sull’arte di destinazione pubblica.